Nama Malaysia ini sebenarnya telah digunakan sejak tahun 1800an lagi dan ianya merujuk kepada Semenanjung Melayu dan kepulauan Melayu, iaitu keseluruhan wilayah Nusantara.
Kepulauan Melayu merujuk kepada kawasan Sumatra, Tanah Jawa, Sulawesi, Tanah Melayu, Kemboja, Siam, Burma, Broneo, Timor, Filipina dll. iaitu mencecah 2 juta Kilometer persegi dengan lebih daripada 25,000 pulau-pulau didalamnya.
Ini dibuktikan dengan merujuk kepada peta yang dibuat oleh Alexander Keith Johnston F.R.G.S (AK Johnston) pada tahun 1845. Beliau memberi tajuk 'South Eastern Peninsula and Malaysia' kepada peta tersebut dan dimuatkan didalam bukunya "National Atlas of Historical, Commercial and Political Geography".
"....the group (the malay peninsula and the malay archipelago ) has been named Malaysia from the Malays who are the dominant race in the archipelago...."
Nama "Malaysia" adalah gabungan perkataan "Malays" dan akhiran Latin-Yunani "-ia"/"-ία" yang diterjemahkan sebagai "tanah Melayu". (-ia bermakna 'tanah". Cth. Rusia ialah "Tanah Rus", Germania ialah “Tanah German”)
Pada tahun 1826, Jules Dumont d'Urville, penjelajah dari angkatan laut Perancis, yang menjelajahi perairan Pasifik selatan dan barat, Australia, New Zealand dan Antartika menggambarkan Malaysia sebagai "kawasan yang biasanya dikenali sebagai Hindia Timur".
Kemudian pada tahun 1931, sarjana Jerman Johann Friedrich Blumenbach mengusulkan istilah "Malaysia", "Mikronesia" dan "Melanesia" kepada Société de Géographie untuk memberi perbezaan budaya Pasifik dengan budaya Nusantara yang sebelum ini diberi istilah "Polinesia".
Dari situlah, nama Malaysia mula digunakan untuk melabel lokasi yang merupakan Kepulauan Melayu atau Nusantara.
Pada tahun 1850, ahli etnologi Inggeris, George Samuel Windsor Earl, menulis dalam Journal of the Indian Archipelago and Eastern Asia, mengusulkan untuk menamakan pulau-pulau di Asia Tenggara sebagai "Melayunesia" atau "Indunesia".
Artikel yang bertajuk “Geographical Notes in Malaysia and Asia” yang ditulis J.E Tenison Woods memberi maklumat ringkas mengenai catatan perjalanannya ke Semenanjung Tanah Melayu, Labuan, Brunei, Sandakan dan Sulu pada tahun 1883 hingga 1886.
Pada tahun 1914, peta yang dikeluarkan di Chicago oeh Amerika Syarikat menamakan Nusantara sebagai Malaysia.
Atas itu, Filipina juga pernah berniat hendak menamakan negara mereka dengan nama Malaysia, tapi sudah takdir, nama tersebut adalah buat Persekutuan Tanah Melayu, wilayah Sarawak dan wilayah Sabah.
Duit syiling Jepun yang dikeluarkan pada tahun 1942 (2602 kalendar Jepun), juga menggunakan nama Malaysia dimana pada muka depan syiling itu kelihatan tiga cabang daun serta perkataan Malaysia.
